食品健康证的办理流程一般如下：
准备材料：带上自己的身份证、个人免冠一寸彩色照片两张。
前往相关部门：到疾病预防控制中心或卫生部批准的承担预防性健康检查的卫生机构进行办理。
询问并填表：到前台询问工作人员具体流程，然后去领表处领取表格，填写个人基本信息，贴上照片（有的地方给免费照相，具体可咨询工作人员）。
缴费：然后去划价处划价、再去交费处缴纳体检费用。
进行体检：逐一进行各项体检，包括到检验室采血（一般在每天上午9点之前进行，采血前需要空腹），采血之后按压五分钟左右，以免继续出血。然后去做肛检，主要是检查是否有大肠杆菌、肝炎等传染性疾病（如果有肛门疾病，提前向医生说明）。之后是内科、外科常规检查，内科主要测量血压、听心跳。最后去胸透室做X光胸透。
参加培训：做完体检之后，询问工作人员卫生法规知识培训的时间、地点。然后拿着登记表的下联到指点时间、地点去参加培训。培训也要缴纳费用，各地价格可能会有所差异。
领证：培训及体检合格者就可以去相关地点领取“健康证”了。
需要注意的是，查体结果不符合发放健康证条件的，不予办理健康证。同时，根据国家法律、法规的规定，从事食品、环境、劳动、放射、学校、药品生产经营的工作人员都必须定期进行健康查体，取得健康合格证后，方可上岗工作。就业、外出务工人员应当进行体格检查，建立健康档案，在校学生也应定期进行查体建立标准健康档案。
